سنہ دو ہزار دو میں جنرل [[پرویز مشرف]] کے دور حکومت میں انہوں نے پیپلز پارٹی کو چھوڑ کر پیپلز پارٹی پیٹریاٹ کے نام سے اپنا ایک گروپ تشکیل دیا اور پھر اسے [[پاکستان مسلم لیگ ق|مسلم لیگ ق]] میں ضم کردیا۔ 2002ء کے انتخابات میں پیپلز پارٹی کی ٹکٹ پر کامیاب ہوکر رکن قومی اسمبلی بنے لیکن پھر انہوں [[فیصل صالح حیات]] اور دیگر ساتھیوں کے ساتھ مل کر قومی اسمبلی میں فاروڈر بلاک بنایا اور مسلم لیگ ق کو وہ مطلوبہ ارکان کی تعداد فراہم کی جو حکومت کی تشکیل کے لیے درکار تھی۔ راؤ سکندر اقبال سابق فوجی صدر جنرل پرویز مشرف کے دور اقتدار کے دوران ہزار دو سے دو ہزار سات تک وزیردفاع رہے۔ راؤ سکندر اقبال ’[[پیپلز پارٹی پیٹریاٹ]]‘ اور ’[[پاکستان پیپلز پارٹی (شیرپاؤ)]]‘ کے ادغام کے بعد وجود میں آنے والی پیپلز پارٹی کے چیئرمین جبکہ [[آفتاب احمد خان شیر پاؤ]] اس کے صدر بن گئے۔
== مسلم لیگ ق ==
مرحوم نے بعد میں اپنی جماعت کو مسلم لیگ ق میں ضم کردیا اور خود بھی اس میں شامل ہوگئے۔2008ء میں ہونے والے عام انتخابات میں راؤ سکندر اقبال نے اپنے آبائی علاقے [[اوکاڑہ]] سے مسلم لیگ قاف کے ٹکٹ پر حصہ لیا لیکن وہ کامیاب نہ ہوسکے۔
== انتقال ==
طویل عرصے تک گردے کے عارضے میں مبتلا رہنے کے بعد 29 ستمبر 2010 کو اوکاڑہ میں ان کا انتقال ہوا۔