سنہ 2001ء میں پاکستان کی عسکریت پسند تنظیم لشکر طیبہ کے دو ارکان نے لال قلعہ پر حملہ کر دیا جس میں درجن بھر بھارتی فوجی ہلاک ہوئے اور حملہ آور قلعہ کی فصیل پھلانگ کر فرار ہو گئے۔ اس کے بعد دسمبر 2003ء میں اس قلعے کو مکمل طور پر فوج نے خالی کر کے آثار قدیمہ کے محکمے کے حوالے کر دیا۔