جامعة الکوثر اسلام آباد کے سیکٹر ایچ ایٹ ٹو میں واقع ہے۔ یہ ایک اسلامی ادارہ ہے جس میں اسلامی علوم کے ساتھ ساتھ جدید علوم سے بھی طلاب کو روشناس کیا جاتا ہے۔ اس ادارے کی بدولت آج بہت سے طلاب علوم آل محمدؑ سے مستفیض ہو رہے ہیں۔ شیعیان عالم کا ایک مرکزی جامعہ ہے جو کو پاکستان کے دار الخلافہ اسلام آباد میں واقع ہے۔ جامعة الکوثر کے ممتاز طلبہ اس وقت پاکستان بھر میں اپنی دینی خدمات دینے کے ساتھ ساتھ نجف اشرف عراق، مشہد مقدس اور قم المقدس میں بھی زیر تعلیم ہیں۔ یہ وہ طلبہ ہیں جن کی تعلیمی کامیبابی کا اصل راز آقائے الحاج شیخ محسن علی نجفی دامت برکاتہ کی کوششیں ہیں۔ کہ آج یہ طلبہ مروجہ تعلیم کے علاوہ اسلامی علوم سے بھی بہرہ مند ہو رہے ہیں۔ یہ وہ طلبہ ہیں جنھوں نے پاکستان بھر سے مختلف مدارس کے طلبہ میں اپنی ممتاز حیثیت رکھتے ہیں آج کے اس دور میں جہاں سائنس اور ٹیکنالوجی کی ترقی عروج پر ہے وہیں اسلامی مدارس اور جامعات قدیمی طرز تعلم سے ابھی تک نہیں نکلے۔ ایسے حالات میں محسن ملت حجہ الا سلام شیخ محسن علی نجی کی کاوشوں سے جامعة الکوثر کا وجود قیام عمل میں آیا اور جہاں ملت تشیع کے طلبہ کرام کو چند سالوں کے پڑھنے کے بعد پاکستان میں دینی علوم کا حصول ناممکن تھا اور ساتھ ساتھ کسی بھی جامعے میں سائنس اور ٹیکنالوجی نام کی کوئی چیز نہیں پائی جاتی ہے وہیں مجاہد ملت حجة الاسلام شیخ محسن علی نجفی دامت برکاتہ کی عظیم فکر یہ تھی کہ مملکت اسلامی جہموریہ پاکستان میں ہی ایسے جامعہ کا موجود ہونا ضروری ہے جو اولا تو طلاب کو پاکستان سے باہر جانے کی ضرورت نہ پڑے اور ساتھ ساتھ جدید علوم سے بھی مستفیض ہوں یہ وہ بنیادی وجہ تھی جس کی وجہ سے جامعة الکوثر کا وجود قیام عمل میں آیا اور جہان نہ فقط دینی علوم سکھائے جاتے ہیں بلکہ دنیاوی علوم کا بھی ایک جدید مرکز کی حیثیت جامعة الکوثر رکھتا ہے۔