ڈاکٹر اسرار احمد کافی عرصے سے دل کے عارضے اور کمر کی تکلیف میں مبتلا تھے۔<ref>[{{Cite web |url=http://www.geo.tv/4-14-2010/62939.htm |title=ممتاز عالم دین ڈاکٹر اسرار احمد انتقال فرما گئے] |access-date=2010-04-16 |archive-date=2010-04-15 |archive-url=https://web.archive.org/web/20100415051521/http://www.geo.tv/4-14-2010/62939.htm |url-status=dead }}</ref><ref>{{یوٹیوب|5ejGA1bTcIY|ممتاز عالم دین ڈاکٹر اسرار احمد کا انتقال}}</ref> بالآخر مؤرخہ [[14 اپریل]]، [[2010ء]] کو 78 برس کی عمر میں اپنے خالق حقیقی سے جا ملے۔<ref name="ڈاکٹر اسرار احمد کی وفات">{{Cite web |url=http://arabnews.com/world/article43026.ece |title=ڈاکٹر اسرار احمد کی وفات |access-date=2010-04-16 |archive-date=2011-09-27 |archive-url=https://web.archive.org/web/20110927150815/http://arabnews.com/world/article43026.ece |url-status=dead }}</ref> آپ کو گارڈن ٹاؤن کے قبرستان میں سپرد خاک کیا گیا۔ ڈاکٹر اسرار احمد مرحوم کے پسماندگان میں ان کی بیوہ، چار بیٹے اور پانچ بیٹیاں شامل ہیں۔
