خان نے ڈھاکہ یونیورسٹی کے طالب علم کی حیثیت سے نیوکلئس بنایا جس کا مقصد قاضی عارف احمد اور عبدالرزاق کے ساتھ [[مشرقی پاکستان]] کی آزادی تھا۔ <ref name=":1">{{حوالہ ویب|date=9 June 2023|title=Serajul Alam Khan: Who was the mystery man in Bangladesh's politics?|url=https://www.dhakatribune.com/bangladesh/2023/06/09/serajul-alam-khan-who-was-the-mystery-man-in-bangladeshs-politics|accessdate=10 June 2023|website=www.dhakatribune.com|language=en}}<cite class="citation web cs1" data-ve-ignore="true">[https://www.dhakatribune.com/bangladesh/2023/06/09/serajul-alam-khan-who-was-the-mystery-man-in-bangladeshs-politics "Serajul Alam Khan: Who was the mystery man in Bangladesh's politics?"]. ''www.dhakatribune.com''. 9 June 2023<span class="reference-accessdate">. Retrieved <span class="nowrap">10 June</span> 2023</span>.</cite></ref> نیوکلئس نے چھ نکاتی تحریک شروع کرنے میں مدد کی، گیارہ نکاتی پروگرام، آزاد بنگلہ دیش کا جھنڈا ڈیزائن کیا، قومی ترانہ اٹھایا، اور قومی نعرہ جوئے بنگلہ متعارف کرایا۔ <ref name=":1" /> انہوں نے شیخ مجیب الرحمان کو بنگ بندھو کا خطاب دیا۔ <ref name=":1" /> خان نے 1963ء سے 1965ء تک طلباء کی سیاسی تنظیم مشرقی پاکستان چھاترہ لیگ کے جنرل سیکرٹری کے طور پر خدمات انجام دیں <ref>{{حوالہ ویب|script-title=bn:বিগত কমিটি সমূহ|trans-title=Past Committees|url=https://bsl.org.bd/%e0%a6%ac%e0%a6%bf%e0%a6%97%e0%a6%a4-%e0%a6%95%e0%a6%ae%e0%a6%bf%e0%a6%9f%e0%a6%bf-%e0%a6%b8%e0%a6%ae%e0%a7%82%e0%a6%b9/|website=Bangladesh Chhatra League|language=bn|access-date=2023-06-15|archive-date=2023-09-11|archive-url=https://archive.ph/20230911105152/https://bsl.org.bd/%E0%A6%AC%E0%A6%BF%E0%A6%97%E0%A6%A4-%E0%A6%95%E0%A6%AE%E0%A6%BF%E0%A6%9F%E0%A6%BF-%E0%A6%B8%E0%A6%AE%E0%A7%82%E0%A6%B9/|url-status=dead}}</ref> نیوکلئس کے دیگر ارکان کے ساتھ مل کر، خان نے بنگلہ دیش لبریشن فورس اور جوائے بنگلہ باہنی کے نام سے ایک مسلح ونگ تشکیل دی جو 1970ء تک پورے مشرقی پاکستان میں موجود ہو گی <ref name=":1" /> [[شیخ مجیب الرحمٰن|شیخ مجیب الرحمن]] کے کہنے پر کمانڈ سٹرکچر کو بڑھا کر شیخ فضل الحق مونی اور [[طفیل احمد (سیاست دان)|طفیل احمد کو]] شامل کیا گیا۔ <ref name=":1" /> [[بنگلہ دیش]] کی آزادی کی جنگ کے دوران بنگلہ دیش لبریشن فورس کا نام شیخ مجیب الرحمن کے نام پر مجیب باہنی رکھا جائے گا۔ <ref name=":1" /> وزیر اعظم [[خالدہ ضیاء]] کی حکومت نے خان کو سرکاری ہوٹل شیرٹن میں ملاقات کرنے سے روک دیا۔ <ref name=":1" />
